根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例等规定,南京浦东建设发展有限公司自然人以其所持该公司股权评估增值后,参与苏宁环球股份有限公司定向增发股票,属于股权转让行为,其取得所得,应按照“财产转让所得”项目缴纳个人所得税。